自然環境局は、自然環境課（企画調整係、公園保全係、公園利用係）と野生動物対策課（野生鳥獣係、エゾシカ対策係、ヒグマ対策室）に分かれています。ここでは、各係の主な業務内容について記載しています。
自然環境課
企画調整係（総括）
- 課内の総合調整に関すること
- 北海道環境審議会自然環境部会に関すること
- 自然環境保全監視事業に関すること
- 生物多様性及び自然環境の保全思想の普及啓発及び表彰に関すること
- その他庶務に関すること
企画調整係（生物多様性）
- 生物多様性保全計画に関すること
- 自然再生に関すること
- 湿原保全に関すること
- 希少野生動植物種の保護管理に関すること
- 外来種対策に関すること（他部他課の所管に係るものを除く）
- 生物多様性の保全に関する活動の促進に関すること
企画調整係（動物愛護）
- 北海道動物愛護管理計画に関すること
- 負傷動物及び傷病野生鳥獣の保護に関すること
公園保全係
- 自然公園の保護管理の調整に関すること（他グループ等の所管に係るものを除く）
- 自然公園の許認可に関すること
- 自然公園計画及び自然環境保全地域等の調整に関すること
- 自然環境保全地域等の許可届出及び保全事業に関すること
- 知床世界自然遺産に係る保全管理に関すること
- 知床世界自然遺産地域管理計画の推進に関すること
- 知床の保全や適正な利用に係る普及啓発に関すること
- エコツーリズムの推進に関すること
公園利用係
- 自然公園の施設整備に関すること
- 自然公園施設の補修改良や維持管理に関すること
- 自然公園の美化活動に関すること
- 北海道自然歩道に関すること
- 自然公園の利用者統計や利用者指導に関すること
- 自然公園財団に関すること
野生動物対策課
野生鳥獣係
- 課内の総合調整に関すること
- 野生鳥獣保護管理施策（エゾシカ、ヒグマを除く）に関すること
- 野生鳥獣の調査及び保護管理（エゾシカ、ヒグマを除く）に関すること
- 鳥獣保護管理法の運用事務に関すること（要領、基準等を含む）
- 狩猟の免許試験及び更新に関すること
- 狩猟者登録に関すること
- アライグマの防除対策・調査等に関すること
- アザラシ類の調査及び保護管理に関すること
エゾシカ対策係
- 北海道エゾシカ管理計画に関すること
- エゾシカの狩猟及び許可捕獲に関すること
- エゾシカ肉の有効活用に関すること
- エゾシカ肉の衛生処理に関すること
ヒグマ対策室
- 北海道ヒグマ管理計画に関すること
- ヒグマの調査に関すること
- ヒグマの出没対策に関すること
