18世紀末から生じてきた対外問題を契機として、1799（寛政11）年～1822（文政5）年、1854（嘉永7）～1868（慶応4）年の2度にわたり幕府が蝦夷地の一部又は全域を直轄した時期の文書。
松前奉行所文書と箱館奉行所文書に大別されます。
松前奉行所文書
1度目に幕府が蝦夷地を直轄していた時期のうち、1807（文化4）年に役所を福山（松前）に移し、奉行を松前奉行と称してからの文書。
2点（うち1点複製)
志津内場所蝦夷家数人別帳 北蝦夷地引渡目録
箱館奉行所文書
2度目の幕府直轄に伴い、箱館奉行を設置した時期の文書・記録。主として箱館奉行所及び出先機関であるモンベツ御用所・運上役所の文書など。
227点（一部複製：市立函館図書館、札幌学院大学付属図書館で原本所蔵)
このうち当館所蔵の原本資料167点は国の重要文化財（平成16年6月8日指定）→重要文化財・箱館奉行所文書
旧幕生産掛書類 蝦夷地諸取計向書付 蝦夷地御用留 山靼人持参品調書 殿中御沙汰書 英国官吏来翰録など
箱館奉行所文書一覧（当館所蔵原本（重要文化財））を見る
