当館の所蔵資料総数は約24万2千点です。その内訳は北海道の行政機関などの公文書6万点余、私文書5万2千点余、地誌・紀行・日記等の古記録、地図、写真、北海道史関係の図書など12万9千点余となっています（令和4年3月末現在）。 この案内は、当館で閲覧できる資料の概要を紹介したものです。
公文書
北海道に係る行政機関等が収受・作成・保存した文書
- 箱館奉行所文書（嘉永7～明治元）〔重文〕
- 開拓使文書（明治2～15）〔重文〕
- 函館・札幌・根室各県文書(明治15～19)
- 北海道庁文書（明治19～昭和22）
- 樺太庁文書（明治40～昭和20）
- 北海道文書（昭和22～現在）など
このうち、箱館奉行所文書の原本資料167点は平成16年6月8日に、開拓使文書の原本資料7,832点（箱館府文書を含む）は平成26年8月21日に、国の重要文化財に指定されました。
私文書
北海道に係る団体、企業、個人が収受・作成・保存した文書
- 柳田家資料（根室の実業家・政治家文久期～）
- 金子元右衛門文書（福山の漁業・商家経営者天保期～）
- 北海道開進会社関連資料（移民会社明治期～）
- 本庄家文書（中近世の武家、屯田兵、寄託）
- 十文字家文書（開拓使官吏幕末・明治初期）ほか
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